澳門高等教育發端於1594年建立的聖保祿學院，是中國最早的以歐洲中世紀大學為範本建立的高等教育機構。儘管由於戰爭與宗教等原因，聖保祿學院在1762年關閉，但在其存續的168年時間裡仍培養了大批精通漢學的傳教士，他們為日後西學東漸、東學西傳起到了重要作用，成為中西文化交流的重要橋梁。1981年，東亞大學在澳門落戶，開啓了澳門高等教育現代化的進程。東亞大學創建之時為私立大學，採用英制的辦學模式，使用英語為教學媒介，在課程開設上以市場為導向，在學制上與歐洲、北美國家接軌。正如其校名一般，東亞大學在與東亞及其他地區日益增長的聯繫中遠遠超越了為本地域服務的面向，體現了廣闊的國際視野，在招生範圍、師資來源、人才培養等方面都體現了國際性特徵，但同時又保留了中國傳統的價值倫理觀，這一點在其校訓——“仁義禮知信”上有集中體現。

從1987年《中葡聯合聲明》的簽訂到1999年12月，澳門進入了過渡期。由於需要為“三化”(中文官語化、公務員本地化、法律本地化)培養“澳人治澳”的人才，澳葡政府通過澳門基金會收購東亞大學，東亞大學轉製成為公立大學。1991年繼澳門第一部高等教育法頒布以後，澳門理工大學從東亞大學獨立。根據第50/91/M號法令設立澳門大學，將除理工課程外的東亞大學所有的高等教育課程轉至澳門大學，而原未轉入公立東亞大學的澳門東亞公開學院和葡萄牙國立公開大學於1992年合作組成亞洲(澳門)國際公開大學。至此，東亞大學一分為三，澳門高等教育進入新的發展階段。從東亞大學轉型到澳門回歸初期，澳門高等教育經歷了一段較快的發展期。在過渡期的“三化”需求下，中葡雙方政府以及澳門民間力量被充分調動起來，新開辦了一批公立院校，一些民間教育機構也在同期升格。例如，1988年保安司開辦了澳門保安部隊高等學校培養保安部隊管理人員；1995年華務司旅遊培訓技術學校與理工學院的貿易暨旅遊學院合併成立了旅遊培訓學院(1997年更名為旅遊學院)；1999年澳門鏡湖護理學院升格為高等教育機構，同年成立澳門高等校際學院(後更名為聖約瑟大學)。澳門在回歸前已擁有7所高校。在此期間，澳葡政府頒布了一系列規範高校辦學的法律、訓令與批示，澳門現代高等教育體系初步形成，註冊學生數在波動中有所提升。

1999年回歸祖國後，澳門高等教育邁上了新的歷史徵程。隨著經濟投資的增加和各項政策措施的陸續施行，澳門高等教育機構招生規模快速增長。1999—2012年是澳門高等教育擴展的爆發期，短短12年間，澳門高等教育毛入學率從回歸之際的20.90%增長到2012年的61.86%，從大眾化階段邁入普及化階段。除上文所述7所高校外，澳門半島又增添了澳門科技大學(2000年)、澳門管理學院(2000年)、中西創新學院(2001年)3所高校，至此，10所高校遍佈澳門，形成了公立私營並存、生源多樣化的辦學格局。